PAR-CLIP-seq（Photoactivatable Ribonucleoside-Enhanced Crosslinking and lmmunoprecipitation sequencing）即基于光活化核糖核苷的交联和免疫沉淀测序技术[1]，将具有光活性的核糖核苷类似物4sU掺入到新转录的RNA中，再通过分析碱基T-C转换位点，可在全转录组范围内研究RNA与蛋白的相互作用，揭示靶向RBP的RNA结合位点。

通过高通量测序技术绘制基因表达图谱，可以揭示RNA在一个稳定状态下质和量上的变化，但是这仅仅是基因表达的一个“快照”，无法观察到RNA转录、加工和降解的细胞内动态过程。SLAM-seq，即thiol(sh)-linkedal

GRO-seq (Global nuclear Run-On sequencing)是一种专门测量新生RNA的方法，可用于系统鉴定eRNA分子。

RIP（RNA Immunprecipitation）是研究细胞内 RNA 与蛋白结合情况的技术，适用于研究转录后调控网络动态过程， 能帮助我们发现特定蛋白质的目标 RNA 分子，包括 lncRNA、mRNA 或其他非编码 RNA。RIP 实验运用针对目标蛋白的抗体， 沉淀相应的 RNA- 蛋白复合物，经过分离纯化，后续可对结合在复合物上的 RNA 进行 qPCR（RIP-qPCR）、芯片分析（RIP-chip） 或测序（RIP-seq）。

染色质互作 RNA 表达谱测序技术（Profiling Interacting RNAs on Chromatin by deep sequencing ，简称 PIRCh-seq）[4] 是一种检测与表观修饰相关的组学检测技术，能够精细鉴定染色质上不同表观修饰状态结合的 RNA 分子。

RADICL-seq（RNA And DNA Interacting Complexes Ligated and sequenced）是一种探索 RNA 与染色质相互作用 的新技术，绘制细胞核内 RNA 与染色质的相互作用图谱，能够鉴定不同类转录本的基因组覆盖模式，以及细胞特异性的 RNA- 染色质相互作用。利用 RADICL-seq 可以在 RNA 与基因组靶标区域相互作用时捕获 RNA，并对捕获的每个 RNA 进行 全面定位。

ISO-SLAM-seq 技术，是 SLAM-seq 与 ISO-seq 的结合，通过研发成熟的核苷类似物 4- 硫尿苷 (S4U) 代谢 RNA 标记 方法和基于 Oxford Nanopore Technology 纳米孔测序平台或者 PacBio 的三代全长转录组测序方法，ISO-SLAM-seq 能 检测整合到总 RNA 中的 S4U，观察新生 mRNA，获得 RNA 半衰期和代谢图谱；