今天要说的超级lncRNA的故事，是从超级增强子开始的。

超级增强子

我们已经知道，超级增强子的鉴定，依据的是增强子转录活性标记分子结合水平强度的差异，比如辅因子Mediator，同时促进与其相关的基因表达。超级增强子与染色质的相互作用程度高，且有着更高级的染色质局部结构。此外，lncRNA也可以通过形成RNA:DNA:RNA三链体 (triplex)，定位到特定的DNA位点，反过来促进染色质局部结构形成。

多边形、圆形和五角星等示意各种转录因子、辅因子及转录活性相关的组蛋白修饰等,红色波浪线表示 mRNA,绿色表示 eRNA 的表达¹。和普通增强子相比，超级增强子横跨更大的基因组区域，富集更多的转录因子、辅因子和转录活性相关的组蛋白修饰，eRNA在超级增强子出显示了更强的转录水平。

超级lncRNA的鉴定

来自美国休斯顿大学的研究者最近发现了一种靶向超级增强子的lncRNA，能促进超级增强子的染色质局部结构形成，所以他们将它命名为超级lncRNA (super-lncRNAs)。

该研究团队利用Logistic回归模型，基于超级增强子内lncRNA形成RNA:DNA:DNA三链体位点的数量，在27种不同的人类细胞和组织中鉴定出442个不同的超级lncRNA转录本；其中70%的超级lncRNA具有组织限制性。一些重复的结构域通过起源于转位因子的锚定DNA位点形成三链体，而超级lncRNA主要就分布在这些结构域中。

A. 超级lncRNA的鉴定步骤。B. 30%的超级lncRNA仅存在于一种组织/细胞中，20%的超级lncRNA存在于两种组织/细胞、12%的超级lncRNA存在于3种组织/细胞中。C. 超级lncRNA与其靶基因的相关性。D. 超级lncRNA的表达水平高于其他lncRNA。

超级lncRNA的作用

根据靶向的组织和细胞株，研究者将这些超级增强子分为17个不同的簇。在特定的簇中的超级增强子有着共同的短结构性基序，它们相应的目标超级增强子也与组织或细胞株相关的GO term有关。研究者认为，超级lncRNA可能利用这些结构性基序募集、转运必需的调控者（例如转录因子和Mediator复合物）到超级增强子，影响染色质结构，并充当“空间放大器”，让关键的组织特异基因与超级增强子结合。

原文：Soibam B, et al. Super-lncRNAs: Identification of lncRNAs that target super-enhancers via RNA:DNA:DNA triplex formation. RNA. 2017 Aug 24.