翻译组测序建库试剂盒:EpiTM Ribosome Profiling Library Kit

项目简介
EpiTM Ribosome Profiling Library Kit是一款基于核糖体印迹测序(Ribo-seq)的高分辨率翻译组测序建库试剂盒,通过精准捕获翻译延伸中的核糖体-mRNA复合物,获取核糖体保护片段(RPFs),解析翻译动态、开放阅读框(ORF)及新生肽链信息等。
表观生物通过技术优化,实现高效特异性的去除rRNA,提高对目的RNA的检测灵敏度,测序数据中rRNA占比降至平均14%,最低达到5%。本试剂盒适用于适合用于翻译调控、发现新ORF或探索药物对翻译的影响等研究。

试剂盒信息

实验流程
技术应用
1、了解转录本上的核糖体分布、翻译活性
2、推测翻译起始位点、ORF位置
3、确定蛋白翻译效率
4、探究翻译调控和基因表达情况
5、鉴定新蛋白/新短肽

(doi:10.3390/cells11192966)
研究方向
(1)癌症研究:
翻译调控机制:如研究异常激活的mRNA翻译调控网络;特定致癌基因的翻译效率与肿瘤进展的关联性
肿瘤特异性抗原识别:通过分析癌细胞中活跃翻译的mRNA,识别异常蛋白作为免疫治疗的靶点。例如,针对产生大量突变蛋白的肿瘤,Ribo-seq可定位特异性抗原以设计CAR-T等疗法
治疗抗性研究:如鉴定化疗药物诱导的核糖体暂停位点
(2)疾病机制研究:
翻译效率异常分析:结合RNA-seq数据,揭示疾病中转录与翻译的调控差异。例如,在神经退行性疾病中识别翻译暂停现象
非经典翻译区域发现:检测基因组中未注释的翻译区域(如上游开放阅读框),揭示其在疾病发生中的作用
(3)药物开发与评估:
挖掘靶点:通过核糖体足迹分析,识别治疗干预的新靶点(如翻译调控因子)
脱靶效应检测:在基因治疗和RNA药物开发中,精确检测非目标翻译事件,提高治疗安全性
药物作用机制研究:实时监测药物处理后细胞翻译图谱的变化,评估疗效

实测数据

客户文章
1. Cancer Commun:NAT10介导的ac4C修饰通过eEF2促进HMGB2翻译驱动肝癌进展(DOI: 10.1002/cac2.12595)

NAT10敲除后转录和翻译谱的变化(H);ac4C修饰mRNA的翻译效率降低(I)
这篇文章为了探究ac4C修饰及其相关乙酰转移酶NAT10在肝细胞癌(HCC)中的功能机制,并寻找潜在治疗靶点。研究使用Ribo-seq分析了NAT10敲除对mRNA翻译效率的影响,发现NAT10缺失导致ac4C修饰的mRNA翻译效率显著降低,尤其是HMGB2 mRNA的核糖体结合减少,但mRNA水平不变。结果揭示了NAT10通过ac4C修饰增强HMGB2翻译的机制,并鉴定eEF2作为ac4C的"阅读器"直接结合修饰位点促进翻译延伸。此外,研究还发现组蛋白去乙酰化酶抑制剂Panobinostat能有效抑制这一通路。

HMGB2 mRNA的核糖体结合减少

2. Cancer Cell:靶向m6A阅读蛋白IGF2BP2通过调控谷氨酰胺代谢抑制急性髓系白血病(DOI: 10.1016/j.ccell.2022.10.004)

IGF2BP2 KD导致全局翻译效率累积频率分布左移,表明翻译活性降低
这篇文章旨在探究m6A阅读蛋白IGF2BP2在急性髓系白血病(AML)中的致癌作用及其调控机制,重点关注其对谷氨酰胺代谢的调控,并开发靶向IGF2BP2的小分子抑制剂作为潜在治疗策略。
Ribo-seq分析内容:
●分析了IGF2BP2敲除对AML细胞中全局翻译效率(TE)的影响
●检测了IGF2BP2靶基因(如MYC、GPT2、SLC1A5)的RPFs和mRNA表达水平,验证IGF2BP2是否通过促进翻译调控这些基因
结果:
●Ribo-seq分析结果显示IGF2BP2 KD导致全局翻译效率下降,靶基因(如MYC、GPT2、SLC1A5)的核糖体结合显著减少。
●结合RNA-seq和Ribo-seq数据,揭示了IGF2BP2通过m6A依赖性机制稳定靶基因mRNA并增强其翻译,从而促进谷氨酰胺代谢通路。

3. Adv Sci:靶向m6A阅读蛋白IGF2BP2通过调控谷氨酰胺代谢抑制急性髓系白血病(DOI: 10.1002/advs.202406332)

Ribo-seq分析结果
这篇文章探究了m⁶A甲基转移酶METTL16在雄性减数分裂中的作用,重点关注其对性染色体失活(MSCI)、双链断裂(DSB)形成、同源重组及关键减数分裂基因表达的调控机制。
Ribo-seq分析内容:
通过Ribo-seq研究METTL16缺失对减数分裂相关基因翻译效率(TE)的影响
结果:
METTL16缺失导致RPFs显著减少,尤其是MEI4、SPATA22、HORMAD1等减数分裂关键基因的翻译效率下降,而mRNA水平未受影响。
揭示机制:
METTL16通过与翻译因子(如eIF3B、eIF4A3)及核糖体蛋白互作,调控减数分裂基因的翻译效率,确保减数分裂进程正常进行。

4. Environ Int:褪黑素通过抑制线粒体ROS-GCN2/elF2α通路缓解砷诱导的血睾屏障损伤(DOI: 10.1016/j.envint.2025.109346)
这篇文章探究砷(As)暴露对血睾屏障(BTB)的破坏机制,并评估褪黑素(melatonin)的保护作用,重点关注线粒体活性氧(mtROS)和整合应激反应(ISR)在其中的作用。

NaAsO2暴露抑制了屏障连接蛋白的翻译
Ribo-seq分析内容:
使用Ribo-seq分析了砷暴露对Sertoli细胞中BTB关键连接蛋白(如N-cadherin、ZO-1)翻译效率的影响。
结果:
●砷暴露显著降低N-cadherin和ZO-1的翻译效率,但不影响其mRNA水平。
●砷通过激活GCN2/elF2α通路(ISR)抑制蛋白质翻译,导致BTB破坏。
●褪黑素通过恢复SIRT3蛋白水平、减少mtROS生成,逆转砷诱导的ISR和BTB损伤。
揭示机制:
砷通过线粒体功能障碍(SIRT3降解→mtROS↑)触发ISR,抑制BTB蛋白翻译,而褪黑素通过抗氧化途径保护线粒体功能,维持BTB完整性。