HEBER-seq—开启exRNA液体活检新时代
项目简介
HEBER-seq，开启exRNA液体活检新时代
近年，液体活检在肿瘤早筛、肿瘤用药、疗效评估和复发监测方面的取得了重要进展。在多种体液游离的胞外RNA（extracellular RNA）作为一种新型液体活检标志物，大部分源自胞外囊泡EVs，包括miRNA、lncRNA、mRNA等RNA类型，这些分子有望用于肿瘤、心脑血管疾病、感染性疾病的早期诊断和用药指导。
表观生物自主研发针对exRNA的测序技术——HEBER-seq（High Efficiency Barcoded Extracellular RNA sequencing，基于标签磁珠的exRNA测序），只需低至200 μL血浆样本，结合我司开发的深度学习算法构建诊断模型，可以深入挖掘测序所得的mRNA、longRNA中的的生物标志物，开启exRNA液体活检新篇章，促进精准医学发展。
技术优势
1. 样本要求量低，适用样本类型丰富
2. 无需富集胞外囊泡，减少过程损失，灵敏度高
3. 去rRNA建库，同时获得mRNA和IncRNA数据
4. 自动化高通量建库，缩短一半以上时间，快捷高效
5. 充分发挥深度学习算法的优势，多靶点提高诊断性能
送样要求
样本类型
血浆，尿液 ，脑脊液等体液样本
建议样本量
30例 VS 30例
技术应用
应用与方案
基础分析内容
1. 去接头污染，去低质量reads 和测序质量评估
2. 参考基因组比对
3. 全基因组reads 分布图谱
4. mRNA表达差异分析
5. 差异基因KEGG、GO 分析
6. 差异lncRNA 分析
高级分析内容
1. 组织特异性分析
2. WGCNA分析/GSEA分析
3. 建立疾病诊断/预后评估模型
4. IPA通路分析
HEBER-seq与传统EVs longRNA-seq技术流程对比
技术流程图
图1.不同样本类型所测得的基因数量
分析内容示例 1
图2.Coeff模型分析
分析内容示例 2
图3.ROC分析training数据集
分析内容示例 3
图4.疾病靶基因IPA分析
分析内容示例 4
参考文献
[1] Ngo TTM, Moufarrej MN, Rasmussen MH, et al. Noninvasive blood tests for fetal development predict gestational age and preterm delivery. ：Science 2018 Jun 08;360(6393) .
[2] Chalasani N, Vuppalanchi R, Lammert C, et al. Circulating cell-free messenger RNA secretome characterization of primary sclerosing cholangitis. medRxiv preprint. August 23, 2022.
[3] Rasmussen M, Reddy M, Nolan R, et al. RNA profiles reveal signatures of future health and disease in pregnancy. Nature2022Jan;601(7893). （点击阅读文章解读）
[4] Vorperian SK, Moufarrej MN; Tabula Sapiens Consortium, et al.Cell types of origin of the cell-free transcriptome.Nat Biotechnol. 2022 Jun;40(6):855-861.