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[新品上线]RNA甲基化修饰 m6Am-Exo-seq测序技术服务隆重上市
发布时间:2020-06-01 22:44:18

项目简介:

RNA上存在一百多种化学修饰,其中N6-甲基腺嘌呤(m6A)作为真核生物mRNA上含量最普遍的化学修饰,参与调控了很多重要的生物学过程。不同于m6Am6Am主要位于真核生物mRNA 5'端帽子之后的第一个碱基。早在1975年,科学家就鉴定到了m6Am的存在。m6Am也是一个动态、可逆的修饰,但其修饰酶PCIF1近两年才发现。m6Am修饰主要位于5’m7Gppp帽子后的第一个碱基,主要通过影响mRNA的蛋白翻译效率发挥作用。

为推动表观转录修饰m6Am的研究,表观生物最新开发m6Am-Exo-seq测序技术,大幅降低样本要求量,可以在全转录组范围(mRNAlincRNA)高效准确的鉴定m6Am的修饰位点及丰度变化。



1. m6Am修饰反应及作用机制[1]

技术流程:

2. m6Am-Exo-seq双IP建库流程

送样要求: 

样本类型:

1. RNA100ug 

2. 细胞,数量为5x107 

3. 组织,质量为100mg  

样本物种:
 仅限人、大小鼠物种,其他物种需评估 

表观生物实测数据:

3. Peak在mRNA结构上的分布metageneplot

4. Peak在lincRNA结构上的分布metageneplot

5. motif分析结果(BCA特征,不同于m6A修饰的GRACH

6.  IGV特定基因峰图

基本分析
1.测序原始reads去接头,质量控制(QC
2.参考基因组比对(Mapping
3.富集区域鉴定(PeakCalling
4.富集区域注释(PeakAnno
5.lncRNA修饰分析、mRNA修饰分析
6.富集区域metagene plot图、pie plot图、venny
7.Motif分析
8.Peak基因GOKEGG分析
9.差异Peak分析(即差异RNA修饰mRNAlncRNA
10.差异Peak基因GOKEGG分析
高级分析
1.单位点修饰预测分析(SingleSite
2.差异RNA修饰热图(Heatmap
3.累计分布曲线分析(Cumulative Distribution Fraction Analysis
4.关联分析(与RNA-seq 关联分析或多组学关联分析)
5.关联分析四象限图
6.关联分析热图(Heatmap
7.IGV峰图(附5个基因)

参考案例:

1.Sendinc E, Valle-Garcia D, Dhall A, et al. PCIF1 catalyzes m6Am mRNA methylation to regulate gene expression[J]. Molecular cell, 2019, 75(3): 620-630. e9.

2.Mauer J, Sindelar M, Despic V, et al. FTO controls reversible m 6 Am RNA methylation during snRNA biogenesis[J]. Nature chemical biology, 2019, 15(4): 340-347.

3.Akichika S, Hirano S, Shichino Y, et al. Cap-specific terminal N6-methylation of RNA by an RNA polymerase II–associated methyltransferase[J]. Science, 2019, 363(6423): eaav0080.

4.Sun H, Zhang M, Li K, et al. Cap-specific, terminal N 6-methylation by a mammalian m 6 Am methyltransferase[J]. Cell research, 2019, 29(1): 80-82.

5.Li K, Cai J, Zhang M, et al. Landscape and regulation of m6A and m6Am methylome across human and mouse tissues[J]. Molecular cell, 2020, 77(2): 426-440. e6.

 
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