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项目简介：

       RNA 甲基化指发生在RNA 分子上不同位置的甲基化修饰现象，常见的RNA转录后修饰方式有6-甲基腺嘌呤(N⁶-methyladenosine，m⁶A) 和5-甲基胞嘧啶(C⁵-methylcytidine，m⁵C)等。     

       最新研究发现，m⁶A修饰在调控基因表达、剪接、RNA 编辑、RNA 稳定性、控制mRNA寿命和降解、介导环状RNA翻译等方面扮演重要角色。因此meRIP-seq助力解决细胞分化，生物发育、疾病发生发展，热休克反应等生物学问题。

      表观生物最新开发微量meRIP-seq技术，通过技术优化，大幅降低meRIP的样本要求量，500ng-20ug 总RNA即可满足实验要求。利用最新的去rRNA技术，可以同时检测mRNA, lncRNA及环状RNA的甲基化修饰谱，帮助研究人员对RNA转录后甲基化修饰图谱进行全面研究，是表观转录组学研究的关键技术。

项目流程：

        甲基化RNA免疫共沉淀 (methylated RNA Immunoprecipitation，meRIP)基于抗体特异性结合甲基化修饰的碱基的原理，以RNA免疫共沉淀富集甲基化修饰片段为基础，然后通过高通量测序，在全转录组范围内研究发生甲基化的RNA区域，高效获得结果。

图1. 微量meRIP实验流程图

表观生物实测数据

图1. Peak在RNA结构上的分布pie图

图2. Peak在RNA结构上的分布metageneplot图

图3. motif分析结果

图4. RNA修饰位点交集韦恩图

送样要求 

样本类型：

1. 总RNA，500ng--20ug 

2. 细胞，数量为5x10⁶~10⁷ 

3. 组织，质量为10~20mg  

样本物种：
 仅限人、大小鼠物种，其他物种需评估 
  

基本分析

1.测序原始reads去接头，质量控制（QC）

2.参考基因组比对（Mapping）

3.富集区域鉴定（PeakCalling）

4.富集区域注释（PeakAnno）

5.lncRNA修饰分析、mRNA修饰分析

6.富集区域metagene plot图、pie plot图、venny图

7.Motif分析

8.Peak基因GO和KEGG分析

9.差异Peak分析（即差异RNA修饰mRNA、lncRNA）

10.差异Peak基因GO和KEGG分析

高级分析

1.单位点修饰预测分析（SingleSite）

2.差异RNA修饰热图（Heatmap）

3.累计分布曲线分析（Cumulative Distribution Fraction Analysis）

4.关联分析（与RNA-seq 关联分析或多组学关联分析）

5.关联分析四象限图

6.关联分析热图（Heatmap）

7.IGV峰图（附5个基因）

       推荐阅读：RNA甲基化修饰（m⁶A）研究技术及方案设计

参考文献：

1.Wang X, et al.N⁶-methyladenosine-dependent regulation of messenger RNA stability.Nature. 2014;505(7481):117-20.

2.Liu N, et al.N(⁶)-methyladenosine-dependent RNA structural switches regulate RNA-protein interactions.Nature. 2015;518(7540):560-4.