PANDORA-seq
项目简介
打开非编码小RNA的潘多拉魔盒！
非编码小RNA（small non-coding RNAs, sncRNAs）， 主要长度为15~45bp， 具有细胞调节功能的一类RNA。 传统的小RNA测序建库技术主要检测miRNA、piRNA等， 无法检测到含有特殊修饰的小RNA。 PANDORA-seq（克服RNA修饰中止的全景RNA展示测序）通过对15-50nt区段的小RNA进行酶学处理，去除影响测序的修饰，完整地呈现包括tsRNA/ rsRNA在内的小RNA图谱， 打开非编码小RNA的潘多拉魔盒！
技术应用
1. 研究tsRNA/rsRNA的生成、调控以及功能
2. 开发tsRNA/rsRNA作为疾病诊断分子标记物
3. 研究RNA相关修饰对tsRNA/rsRNA功能的影响
送样要求
4 ug
≥200ng/样本
≥10~5个细胞/样本
细胞
强烈建议设置生物学重复
技术参数与优势
技术参数
项目周期：约35~55天
测序数据：20M reads
测序模式：SE75
技术优势
1. 利用T4PNK，AlkB酶处理小RNA，解决修饰阻碍，产生无偏差sncRNA完整图谱
2. 增加AlkB Mut蛋白，提升去甲基化效率，降低酶处理对RNA的降解副作用
3. 通过SPORTS1.12分析软件，将tsRNA和rsRNA图谱可视化，清晰对比组间差异
4. 同时获得miRNA、piRNA、tsRNA、rsRNA等数据
PANDORA-seq (T4PNK 和 AlkB 处理)[1]
技术原理
分析内容
基本分析
1. 原始数据过滤
2. 基因组比对
3. rRNA database比对
4. tRNA database比对
5. microRNA database比对
6. piRNA database比对
7. Small RNAs 长度及分类统计
8. tsRNA雷达图
9. miRNA表达差异分析
10. tsRNA表达差异分析
11. piRNA表达差异分析
12. rsRNA表达差异分析
13. 差异表达Small RNAs聚类分析
（仅限生物学重复）
高级分析
客户自选不多于50个sncRNA进行分析：
1. 靶基因预测
2. 靶基因GO富集分析
3. 靶基因KEGG富集分析
图1. sncRNA长度分布
表观生物实测数据
图2. tsRNA种类差异表达热图
图3. tsRNA种类分布雷达图
图4. rsRNA序列差异表达火山图
参考文献
[1] Shi J, Zhang Y, Tan D, et al. PANDORA-seq expands the repertoire of regulatory small RNAs by overcoming RNA modifications. Nat Cell Biol 2021 04;23(4).