LongRNA-seq(circRNA+lncRNA+mRNA）

项目简介

 LongRNA-seq是一种全面检测细胞和组织长片段RNA（>200nt） 的转录组测序方法,包括线性的mRNA和lncRNA分子，以及环状RNA，可准确高效揭示转录组的表达全貌，是非编码RNA的重要研究技术。

       关于长链非编码RNA(Long non-coding RNA，lncRNA):

 lncRNA是一类长度大于200nt，无典型开放阅读框(ORF)的RNA，其数量远高于编码蛋白质的mRNA。它们的基因背景很丰富，可以是由启动子、增强子起始的序列，基因内含子，RNA的反义链，亦或是基因之间的序列等。研究发现lncRNA可在表观遗传学水平(包括DNA 甲基化、组蛋白修饰、染色质重构)、转录及转录后水平调节基因的表达，从而参与各种基本生命活动和疾病的发生发展过程。

       关于环状RNA（circular RNA，circRNA）：

 环状RNA是一类特殊的RNA分子，是RNA领域最新的研究热点。

与传统的线性RNA（linear RNA，含5’和3’末端）不同，circRNA分子呈封闭环状结构，不受RNA外切酶影响，表达更稳定，不易降解。在功能上，近年的研究表明，circRNA分子富含microRNA（miRNA）结合位点，在细胞中起到miRNA海绵（ miRNA sponge）的作用，进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用，升高靶基因的表达水平；这一作用机制被称为竞争性内源RNA（ceRNA）机制。通过与疾病关联的miRNA相互作用， circRNA在疾病中发挥着重要的调控作用。而最新的研究发现，还存在大量的环形RNA可作为信使RNA来编码蛋白，这些环形信使RNA通过一种常见的RNA甲基化修饰m6A，来驱动非帽依赖性的翻译机制来合成蛋白质。

 正常情况下，真核细胞中蛋白质合成的主要方式是通过5’端帽依赖性翻译，但在应激环境下或一些癌症中，5’端帽依赖性翻译会被抑制而非帽依赖性翻译将会取代。因为环状RNA没有5’端帽结构，所以所有的环状RNA翻译都是通过非5’端帽依赖性翻译进行的。因而环状RNA可能通过产生刺激诱导蛋白在细胞应激反应中发挥重要作用。根据类似推理，环状RNA编码的蛋白可能在癌症等重大疾病发展过程中发挥重要作用。

实验流程

样本要求

1. 组织：>1mg；（仅限人源）

2. 细胞培养：1*10的6次方个；（仅限人源）

3. 血液样品：≥2ml。（仅限人源）

4.  RNA样品（仅限人源）:

浓度≥ 200ng/μL，总量≥4μg；

OD260/280介于1.8~2.2之间，OD260/230≥2.0，RIN≥6.5，28S:18S≥1.0，确保RNA无降解；

建库方式

去rRNA 链特异性建库方式

测序参数

测序平台：HiSeq X10/4000

测序模式：PE150测序模式

测序数据：>10G clean data

生物信息基础分析
1. 数据质控
2. 基因比对与统计
3. mRNA差异表达分析

4. lncRNA差异表达分析

5. 环状RNA预测分析
6. 环状RNA注释
7. 环状RNA差异表达分析
8. 差异基因GO分析
9. 差异基因KEGG分析
10. 生物学重复样品间相关性分析