转录调控
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irCLIP-Seq服务
发布时间:2018-03-05 16:22:50 | 浏览次数:


项目简介

       CLIP-seq, 又称为HITS-CLIP,即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing), 是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。其主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生耦联,以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后,回收其中的RNA片段,经添加接头、RT-PCR等步骤,对这些分子进行高通量测序,再经生物信息学的分析和处理、总结,挖掘出其特定规律,从而深入揭示RNA结合蛋白与RNA分子的调控作用及其对生命的意义。

       传统的CLIP方需要利用进行放射性同位素标记示踪,实验步骤较为复杂,严重限制了该方法的普及应用。通过技术革新,表观生物隆重推出最新的红外-CLIP-Seq(irCLIP-Seq)技术服务。irCLIP-Seq通过使用红外荧光染料取代传统放射性物质标记,并引入thermostable group II intron reverse transcriptase (TGIRT)用于cDNA合成,极大的提供实验效率,简化实验流程。


实验流程

 


应用范围

RNA结合蛋白作用机制研究

lncRNA/circRNA功能机制研究

miRNA靶标鉴定

 

送样要求

1. 具备紫外交联仪的,可以把细胞交联收集好后通过干冰运输。

2. 不具备前期准备条件的,需提供活细胞及配套培养基,常温运输。如需进行细胞前处理,请提供详细说明和相关材料,并收取相应处理费用。细胞培养及收集需根据细胞类型不同而收取相应费用。


细胞数量

107

 

仅限物种

人、大鼠、小鼠

 

测序模式

SE 50

 

测序数据量

20M-40M

 

生物信息分析内容

1.  数据产出统计,对原始测序数据去接头、去低质量 reads、去污染;

2.  CLIP 测序序列与参考基因组序列的比对,Reads在全转录组的分布;

3.  Reads在转录起始位点(TSS)附近的分布分析;

4.  Reads在转录终止位点(TTS)附近的分布分析;

5.  Reads在翻译起始位点(Start codon)附近的分布分析;

6.  Reads在翻译终止位点(Stop codon)附近的分布分析;

7.  统计 CLIP 测序数据富集区域 ( Peak ) 的信息;

8.  Peak 相关基因筛选与 GO 功能聚类分析及KEGG生物通路富集分析;

9.  多个样品的差异分析;

10. 结合峰的motif检测。


 
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