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五项崭新技术服务上线:HiChIP、miCLIP、ATAC-seq、GoldCLIP、RNA结合蛋白TCGA数据挖掘
发布时间:2018-07-26 18:53:19 | 浏览次数:

GoldCLIP-seq整体服务


        传统的CLIP方需要利用进行放射性同位素标记示踪以及胶纯化回收RNA文库,实验步骤较为复杂,严重限制了该方法的普及应用。通过技术革新,表观生物隆重推出最新的GoldCLIP-seq(Gel-omitted and ligation-dependent CLIP-seq)技术服务。

技术应用

1. RNA结合蛋白作用机制研究

2. lncRNA/circRNA功能机制研究

3. miRNA靶标鉴定

技术优势

1. 不需要使用同位素示踪,省去了需要用到同位素的困扰

2. 所需细胞数量低于其他类型CLIP-seq

3. 省去了CLIP步骤中的胶回收步骤,极大提高了RNA的回收效率

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HiChIP高通量测序整体服务


        HiChIP(in situ Hi-C followed by chromatin immunoprecipitation)是一种利用原位Hi-C原理和转座酶介导构建文库来解析染色质构象的方法。


技术应用

1. 针对特定蛋白的染色质互作构象分析

2. 转录因子作用机制研究

3. 表观修饰对基因调控的机制研究

技术优势

     1. 构象信息读取的产量提高了10倍以上

     2. 相对于ChIA-PET,样本要求降低了100倍以上

     3.  所需细胞数量低于Hi-C

     4.  比Hi-C具有更大的信噪比

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miCLIP-seq整体服务


        miCLIP-seq,即m6A单碱基分辨率紫外交联沉淀(m6A individual-nucleotide-resolution cross-linking and immunoprecipitation)结合高通量测序,利用m6A抗体和紫外线交联,研究单碱基水平的m6A转录组图谱。

技术应用

1. 绘制全转录组精确的m6A修饰图谱,达到单碱基分辨率级别;

2. 除了m6A,还可以鉴定m6m修饰;

3. 还能鉴定small RNA上的m6A修饰。

技术优势

1. 无需4-SU等修饰核苷酸预处理(PAR-CLIP需要)

2. 基于特征突变,准确预测m6A修饰

3. miCLIP对m6A的识别并不受峰形状影响,实现无偏鉴定

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ATAC-seq整体服务


        ATAC-seq (Assay of Transposase Accessible Chromatin with High-throughput sequencing),即染色质开放性检测,利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。

技术应用

        对于未知表观遗传是否在细胞系统的应答发挥作用的情况,或者不清楚哪种组蛋白修饰、转录因子是最重要的,或者细胞数量很少的情况前提下,ATAC-seq是比ChIP-seq更适合的一种研究技术。

1. 初步判断所研究的课题是否涉及表观遗传调控机制;

2. 结合基序分析,识别参与基因调控的转录因子;

3. 识别转录因子调控的靶基因和功能原件;

4.  超级增强子鉴定联合分析,明确活性超级增强子的范围;

5.  通过开放的染色质图谱,可以更好地了解药物或疾病的基因调控和细胞应答机制;识别驱动细胞命运、疾病或应答相关的转录因子。

 技术优势

1. 灵敏性高,低细胞起始量,每个样本50000个细胞即可;

2. 实验步骤简化,实验重复性好,成功率高;

3. 能同时揭示开放染色质的基因组位置,DNA结合蛋白,转录结合位点的相互作用。

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TCGA数据挖掘服务—肿瘤相关RNA结合蛋白深度分析


        表观生物通过深度TCGA最新的数据,整合7332套RNA-seq数据及临床相关数据,针对18种高发肿瘤,提供1912个RNA结合蛋白的深度分析挖掘服务,为研究癌症相关RNA结合蛋白奠定坚实基础和提升研究效率!

技术应用

1. 快速获取在肿瘤中表达失常及存在拷贝数变异的RNA结合蛋白,为验证肿瘤相关RBP奠定基础;

2. 为相关研究论文的发表提供重要的数据支撑;

3. 可作为申请课题的基础工作,降低前期投入的成本;

4. 为RNA结合蛋白的功能高通量筛选结果提供参照,指导精确锁定肿瘤相关的RNA结合蛋白。

技术优势

1. 国内首个TCGA数据挖掘服务!

2. 表观生物承诺,每个癌种的全部相关数据均只出售一次,18组肿瘤的数据,先到先得!

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