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新发现!不为人知的 “超级lncRNA”
发布时间:2017-09-06 20:06:05 | 浏览次数:

今天要说的超级lncRNA的故事,是从超级增强子开始的。


超级增强子


我们已经知道,超级增强子的鉴定,依据的是增强子转录活性标记分子结合水平强度的差异,比如辅因子Mediator,同时促进与其相关的基因表达。超级增强子与染色质的相互作用程度高,且有着更高级的染色质局部结构。此外,lncRNA也可以通过形成RNA:DNA:RNA三链体 (triplex),定位到特定的DNA位点,反过来促进染色质局部结构形成。

多边形、圆形和五角星等示意各种转录因子、辅因子及转录活性相关的组蛋白修饰等,红色波浪线表示 mRNA,绿色表示 eRNA 的表达1和普通增强子相比,超级增强子横跨更大的基因组区域,富集更多的转录因子、辅因子和转录活性相关的组蛋白修饰,eRNA在超级增强子出显示了更强的转录水平。


超级lncRNA的鉴定


来自美国休斯顿大学的研究者最近发现了一种靶向超级增强子的lncRNA,能促进超级增强子的染色质局部结构形成,所以他们将它命名为超级lncRNA (super-lncRNAs)


该研究团队利用Logistic回归模型,基于超级增强子内lncRNA形成RNA:DNA:DNA三链体位点的数量,在27种不同的人类细胞和组织中鉴定出442个不同的超级lncRNA转录本;其中70%的超级lncRNA具有组织限制性。一些重复的结构域通过起源于转位因子的锚定DNA位点形成三链体,而超级lncRNA主要就分布在这些结构域中。

A. 超级lncRNA的鉴定步骤。B. 30%的超级lncRNA仅存在于一种组织/细胞中,20%的超级lncRNA存在于两种组织/细胞、12%的超级lncRNA存在于3种组织/细胞中。C. 超级lncRNA与其靶基因的相关性。D. 超级lncRNA的表达水平高于其他lncRNA。


超级lncRNA的作用


根据靶向的组织和细胞株,研究者将这些超级增强子分为17个不同的簇。在特定的簇中的超级增强子有着共同的短结构性基序,它们相应的目标超级增强子也与组织或细胞株相关的GO term有关。研究者认为,超级lncRNA可能利用这些结构性基序募集、转运必需的调控者(例如转录因子和Mediator复合物)到超级增强子,影响染色质结构,并充当“空间放大器”,让关键的组织特异基因与超级增强子结合


Epi老师:这项研究未涉及更多"超级lncRNA"的功能研究结果,这部分还在讨论阶段,而相信这正是大家更感兴趣的事情。值得注意的是,这些超级lncRNA拥有多个元件或基序,可以和多个因子相互作用,转运它们到特异的位点,这或许会赋予这些超级lncRNA很多有待我们研究的功能。


原文:Soibam B, et al. Super-lncRNAs: Identification of lncRNAs that target super-enhancers via RNA:DNA:DNA triplex formation. RNA. 2017 Aug 24.

 
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