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杨建华教授

中山大学 博士生导师


研究方向

1、开发基于新一代测序技术(NGS)的新算法和实验方法解码非编码RNA基因的功能和调控网络

2、整合高通量癌症基因组数据结合实验研究非编码RNA在疾病发生发展中的作用

3、开发表观转录组学的分析和实验方法研究RNA修饰的功能和机制

学术成就

长期致力于开发新算法、平台和实验方法研究非编码RNA基因和RNA修饰及其互作蛋白的结构、功能和作用机制。

以通讯作者或第一作者身份在Nature Cell BiologyCell ResearchNucleic Acids Res.Cell Reports等杂志发表20多篇研究论文,以合作者身份在Nature MethodsCell Stem Cell等杂志发表10多篇研究论文。通讯作者或第一作者的研究论文有14IF>10.0,其中5篇研究论文被选为ESI高引用论文1篇被Nature Cell Biology杂志亮点评述,1篇被选为Cell Research杂志的封面和亮点评述1篇论文入选“2014年中国百篇最具影响国际学术论文”, 单篇最高SCI他引超过400。开发的工具被Nature等杂志引用超过1200次,受邀在Springer出版社出版了4篇关于非编码RNA研究方法的论著章节。

率先利用CLIP-seq、ChIP-seq和Epitranscriptome数据和概率罚分模型等开发新的算法和平台,包括starBase、snoSeeker、 StarScan、 circScan、RMBase、tRF2cancer、ChIPBase、deepBase等。starBase平台已成为国际同行最广泛使用的非编码RNA功能网络预测工具之一(starBase平台在google scholar总引用超过1000

代表论文

Huang H+, Weng H+, Sun W+, Qin X+, Shi H+, Wu H, Zhao BS, Mesquita A, Liu C, Yuan CL, Hu YC, Hüttelmaier S, Skibbe JR, Su R, Deng X, Dong L, Sun M, Li C, Nachtergaele S, Wang Y, Hu C, Ferchen K, Greis KD, Jiang X, Wei M, Qu L, Guan JL, He C*Yang J*, Chen J*. Recognition of RNA N(6)-methyladenosine by IGF2BP proteins enhances mRNA stability and translation. Nat Cell Biol. 2018 Mar;20(3):285-295.

Wang ZL+, Li B+, Luo YX, Lin Q, Liu SR, Zhang XQ, Zhou H, Yang JH*, Qu LH*. Comprehensive Genomic Characterization of RNA-Binding Proteins across Human Cancers. Cell Rep. 2018 Jan 2;22(1):286-298.

Zhou KR, Liu S, Sun WJ, Zheng LL, Zhou H, Yang JH*, Qu LH*. ChIPBase v2.0: decoding transcriptional regulatory networks of non-coding RNAs and protein-coding genes from ChIP-seq data. Nucleic Acids Res. 2017 Jan 4;45(D1):D43-D50.

Li JH, Liu S, Zhou H, Qu LH*, Yang JH*. starBase v2.0: decoding miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA and protein-RNA interaction networks from large-scale CLIP-Seq data. Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42:D92-7.

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