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发现肿瘤特异性外泌体RNA分子标志物
发布时间:2018-03-05 16:32:47 | 浏览次数:

       在当前精准医学的大背景下,液体活检作为一项重要的创新技术,有望在癌症早期筛查与诊断、治疗方案指导、疗效评估及预后测评领域发挥作用,具有极高的临床应用价值和市场前景。液体活检主要包括检测血液中游离的循环肿瘤细胞( circulating tumor cell,CTC)、循环肿瘤DNA ( circulating tumor DNA,ctDNA)和外泌体等。


       外泌体为大小30 ~100 nm 的细胞外泌性囊泡,具有脂质双层膜结构。近年研究显示,外泌体是细胞与细胞间通讯的重要的分子,参与诸多生理与病理过程。外泌体中不仅包含蛋白质成分,还包括一些RNA成分,如微小 RNA( microRNA,miRNA) 、长链非编码RNA和mRNA、环状RNA(circular RNA,circRNA)。外泌体所携带的这些 RNA统称为外泌体来源 RNA,具有完整的序列结构和生物活性,有望作为液体活检分子标志物诊,在精准医学发展上有着光明的前景。


       相比与传统液体活检所检测的cfDNA和CTC,外泌体具有以下优势:

1、外泌体在体液中具有更高的浓度含量,有利于肿瘤的早期诊断;

2、外泌体的脂膜结构对所包含的核酸分子起到良好的保护作用,具有更高的稳定性;

3、外泌体的粒径较小,通透性强,容易到达各种体液中,为液体活检提供重要的前提条件;

4、外泌体包含丰富的核酸分子,从mRNA、lncRNA和circRNA等大RNA分子层面更容易发现肿瘤特异的分子标志物[1][2]



        表观生物通过反复比较测试多种外泌体的提取技术,最终择优采用Qiagen exoRNeasy Serum/Plasma Maxi Kit试剂盒,该试剂盒来源于首个通过FDA批准的外泌体诊断公司--美国Exosome Diagnostics, Inc.的核心技术,能够在25分钟内快速纯化得到细胞外囊泡,并获得更为全面的高纯度RNA分子,适合用于检测外泌体中的环状RNA及其他长片段的线性RNA。表观生物技术团队结合最新的高通量测序技术和生物信息分析方案,倾力打造外泌体RNA分子标志物开发的转化医学整体解决方案!

项目流程


测序方案

1) 测序平台:Illumina HiSeq X10/Hiseq 4000

2) 测序模式:PE150

3) 测序数据量:>8G/样本

4) 适用物种:人

5) 样本类型:限人血浆(推荐)或者血清,每个样本2-4ml体积

分析内容

1. 去接头污染,去低质量reads和测序质量评估

2. 参考基因组比对

3. 全基因组reads分布图谱

4. 环状RNA预测

5. 环状RNA表达差异分析

6. mRNA表达差异分析

7. 差异基因KEGG、GO分析

8.差异lncRNA分析

参考文献:

[1]Zheng Q, Bao C, Guo W, et al. Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3 that regulates cell growth by sponging multiple miRNAs[J]. Nature communications, 2016, 7.

[2]Guarnerio J, Bezzi M, Jeong J C, et al. Oncogenic role of fusion-circRNAs derived from cancer-associated chromosomal translocations[J]. Cell, 2016, 165(2): 289-302.


 
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