生物信息
lncRNA/mRNA功能预测
发布时间:2018-03-10 15:49:12 | 浏览次数:


       lncRNA是当前生物医学的热门研究领域,但是由于其作用方式多样,作用位点复杂,如果通过常规的实验进行验证往往费时费力,而且还存在较多变数,是目前非编码RNA研究中的主要难点所在。目前lncRNA的功能主要通过和特定的蛋白质/DNA/RNA进行相互结合,发挥对靶基因的调控作用。因此,对目标lncRNA的功能预测,将大大减少我们的科研工作量,提高实验的成功率,为发现目标分子的功能研究奠定坚实的基础。 

       如果两个分子存在相互作用,那么二者在表达上往往具有某种关联,基于这个原理因此,我们开发了lncRNA(包括mRNA)共表达分析技术,应用于目标分子的功能预测。本技术利用不断更新的海量数据库(目前已经包括6万张Affymetrix 表达谱芯片数据及5000套TCGA数据),建立共表达分析流程,预测功能相关基因,并建立功能分类网络、信号通路、蛋白互作网络,通过对数据的深入挖掘,可获得相关的重要蛋白及其功能和所在通路,以指导下一步的 lncRNA 功能验证。


本服务项目提供分析结果包括:

1、表一.xls:与目标lncRNA/mRNA 具有正向和反向共表达关系的基因各500个;

2、表二.xls:共表达基因功能分类网络

3、表三.xls:共表达基因信号通路网络

4、图一.jpg:蛋白互作网络

5、表四.xls:网络元素权重分析

6、完整分析报告.pdf:包括功能预测、靶点基因、正负调控关系及相关文献查询结果分析。



 
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