微量RNA甲基化(m6A)免疫共沉淀高通量测序(meRIP-seq)
项目简介
微量RNA甲基化(m6A)免疫共沉淀高通量测序(meRIP-seq)
RNA 甲基化指发生在RNA 分子上不同位置的甲基化修饰现象，常见的RNA转录后修饰方式有6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine，m6A) 和5-甲基胞嘧啶(C5-methylcytidine，m5C)等。
最新研究发现，m6A修饰在调控基因表达、剪接、RNA 编辑、RNA 稳定性、控制mRNA寿命和降解、介导环状RNA翻译等方面扮演重要角色。因此meRIP-seq助力解决细胞分化，生物发育、疾病发生发展，热休克反应等生物学问题。
表观生物最新开发微量meRIP-seq技术，通过技术优化，大幅降低meRIP的样本要求量，500ng-20ug 总RNA即可满足实验要求。利用最新的去rRNA技术，可以同时检测mRNA, lncRNA及环状RNA的甲基化修饰谱，帮助研究人员对RNA转录后甲基化修饰图谱进行全面研究，是表观转录组学研究的关键技术。
项目流程：
甲基化RNA免疫共沉淀 (methylated RNA Immunoprecipitation，meRIP)基于抗体特异性结合甲基化修饰的碱基的原理，以RNA免疫共沉淀富集甲基化修饰片段为基础，然后通过高通量测序，在全转录组范围内研究发生甲基化的RNA区域，高效获得结果。
表观生物实测数据
Peak在RNA结构上的分布pie图
Peak在RNA结构上的分布metageneplot图
motif分析结果
RNA修饰位点交集韦恩图
差异RNA修饰水平聚类热图
IGV基因峰图
UCSC导出peak序列（与单位点修饰预测分析一致）
多组学关联分析四象限图（RNA-seq与meRIP-seq）
送样要求
样本物种： 仅限人、大小鼠物种，其他物种需评估
500ng--20ug
总RNA
5x10⁶~10⁷
细胞数量
10~20mg
组织质量
基础与高级分析
基本分析
1.测序原始reads去接头，质量控制（QC）
2.参考基因组比对（Mapping）
3.富集区域鉴定（PeakCalling）
4.富集区域注释（PeakAnno）
5.lncRNA修饰分析、mRNA修饰分析
6.富集区域metagene plot图、pie plot图、venny图
7.Motif分析
8.Peak基因GO和KEGG分析
9.差异Peak分析（即差异RNA修饰mRNA、lncRNA）
10.差异Peak基因GO和KEGG分析
高级分析
1.单位点修饰预测分析（SingleSite）
2.差异RNA修饰热图（Heatmap）
3.累计分布曲线分析（Cumulative Distribution Fraction Analysis）
4.关联分析（与RNA-seq 关联分析或多组学关联分析）
5.关联分析四象限图
6.关联分析热图（Heatmap）
7.IGV峰图（附5个基因）
参考文献
1.Lin Liu, Yu Wu, Qiuli Li,et al. METTL3 Promotes Tumorigenesis and Metastasis through BMI1 m6A Methylation in Oral Squamous Cell Carcinoma. Molecular Therapy. 2020: 28(10).【客户文章】
2. Wang L, Liang Y, Lin R, et al. Mettl5 mediated 18S rRNA N6-methyladenosine (m6A) modification controls stem cell fate determination and neural function, Genes & Diseases,https://doi.org/10.1016/j.gendis.2020.07.004.【客户文章】
3. Wang X, et al.N6-methyladenosine-dependent regulation of messenger RNA stability.Nature. 2014;505(7481):117-20.
4.Liu N, et al.N(6)-methyladenosine-dependent RNA structural switches regulate RNA-protein interactions.Nature. 2015;518(7540):560-4
5.Yang Y, Fan X, Mao M, et al. Extensive translation of circular RNAs driven by N6-methyladenosine[J]. Cell Research, 2017.