技术升级 | 一步法ATAC-seq测序技术服务，高效、高敏感度、完整的“调控组学”分析
产品介绍
ATAC-seq通过Tn5转座酶对染色质开放性位点的剪切和标签化，能够实现高效的染色质开放性图谱测序。传统的ATAC-seq步骤需要提取细胞核，然后再用Tn5转座酶处理。由于提取细胞核的步骤较为繁琐，且由于操作人员的熟练程度差异，去除细胞膜的效率不稳定，对实验速度和成功率造成影响。
本产品通过独创的一步法ATAC缓冲液，对PBS洗涤后的细胞进行简单处理后，就可以直接用于Tn5酶切的反应，显著简化了ATAC-seq建库流程。同时，经过一步法ATAC缓冲液处理的细胞，还可以在4℃稳定保存72小时，给临床样本的处理带来巨大的便利。
图1. ATAC-seq 技术原理及技术流程 [1]
A. ATAC-seq 文库构建示意图。转座子只能插入开放的染色质 DNA，所以利用 Tn5 转座酶，将携带测序标签的转座复合物加入到细胞核中，后续利用标签进行 PCR 扩增，即可识别开放染色质；B. 转座后成为 DNA 片段。在 72° C 延长，与adapter 连接，再扩增，随后 PCR 扩增出来的序列就包含了 adapter、共有序列末端、测序标签。
技术原理
应用与优势
技术应用
1. 初步判断所研究的课题是否涉及表观遗传调控机制
2. 结合基序分析，识别参与基因调控的转录因子
3. 识别转录因子调控的靶基因和功能元件
4. 与超级增强子鉴定联合分析，明确活性超级增强子的范围
5. 更好地了解药物或疾病的基因调控和细胞应答机制
6. 识别驱动细胞命运、疾病或应答相关的转录因子
技术优势
1. 灵敏性高，低细胞起始量，每个样本 50,000 个细胞即可
2. 独创一步法试剂，实验重复性好，成功率高
3. 能同时揭示开放染色质的基因组位置、DNA 结合蛋白和转录结合位点的相互作用
1. 基因组比对
2. 基因组富集区域分析
2.1 富集区域鉴定
2.2 富集区域分布特征（Heatmap、metaProfile）
2.3 Peak 相关基因 GO 分析 2.4 Peak 相关基因 KEGG 分析
2.4 差异 Peak 分析
2.5 差异 Peak 相关基因 GO，KEGG 分析
3. 差异富集区域 motif 分析
分析内容
送样要求
样本类型：1. 活细胞样本，50,000 个细胞每样本 2. 组织样本，质量≥ 100mg
样本物种：仅限人、大小鼠，其他物种需评估
图2. 片段长度分布图（表观生物实测结果）
实测结果
图3. IGV峰图 （每图第一行是表观生物实测结果，第二行是V公司试剂盒实测结果）
图4. TSS分布热图（左图为表观生物实测结果，右图为V公司试剂盒实测结果）
图5. ATAC-seq结果显示，在40 kPa hNPC细胞中，ATAC-seq峰的数量增加
客户文章
Mol Ther：由PIEZO1启动的NF-κB和骨膜素的自扩增回路促进机械诱导的髓核细胞的衰老和椎间盘退化[2]
此研究采用mRNA-seq和ATAC-seq（表观生物提供）检测机械应激条件下人髓核（hNPC）细胞的变化，发现骨膜素和NF-kB p65的正反馈是促进NP细胞衰老和椎间盘退化（IDD）发展的关键调节因子。
图6. GO富集分析显示，40kPa hNPC细胞独特ATAC峰TSS基因与胶原分解代谢过程、软骨细胞分化的负调节和ECM分解上调相关
图7. Motif分析，显示40 kPa hNPC中围绕NF-kB p65基序的ATAC-seq信号强度更高
图8. 40 kPa hNPC细胞的ATAC-seq信号强度在POSTN启动子和增强子处强烈增强，与POSTN表达上调一致，表明与1 kPa hNPC相比，40 kPa hNPC中包含POSTN调节区的
参考文献
[1] Buenrostro J D, Wu B, Chang H Y, et al. ATAC-seq: A Method for Assaying Chromatin Accessibility Genome-Wide[J]. Curr Protoc Mol Biol, 2015, 109:21~29.
[2] Wu J,Chen Y, Liao Z, et al. Self-amplifying loop of NF-κB and periostin initiated by PIEZO1 accelerates mechano-induced senescence of nucleus pulposus cells and intervertebral disc degeneration. Mol Ther. 2022 May 26:S1525-0016(22)00319-7.（客户文章）
[3] Wang Y, Chen K, Liu G, et al. Disruption of Super-Enhancers in Activated Pancreatic Stellate Cells Facilitates Chemotherapy and Immunotherapy in Pancreatic Cancer. Adv Sci (Weinh). 2024;11(16):e2308637. （客户文章）
[4] Chen Y, Zhou T, Liao Z, et al. Hnrnpk is essential for embryonic limb bud development as a transcription activator and a collaborator of insulator protein Ctcf. Cell Death Differ. 2023 Oct;30(10):2293-2308.（客户文章）
[5] Xu J, Chen Z, Huang X, et al. Multi-omics analysis reveals that linoleic acid metabolism is associated with variations of trained immunity induced by distinct BCG strains. Sci Adv. 2024 Apr 5;10(14):eadk8093. （客户文章）
[6] You B, Xia T, Gu M, et al. AMPK-mTOR-Mediated Activation of Autophagy Promotes Formation of Dormant Polyploid Giant Cancer Cells. Cancer Res 2022 Mar 01;82(5). （客户文章）