RNA甲基化检测
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微量RNA甲基化(m6A)免疫共沉淀高通量测序(meRIP-seq)
发布时间:2019-01-25 14:53:25 | 浏览次数:

项目简介:

       RNA 甲基化指发生在RNA 分子上不同位置的甲基化修饰现象,常见的RNA转录后修饰方式有6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A) 和5-甲基胞嘧啶(C5-methylcytidine,m5C)等。     

       最新研究发现,m6A修饰在调控基因表达、剪接、RNA 编辑、RNA 稳定性、控制mRNA寿命和降解、介导环状RNA翻译等方面扮演重要角色。因此meRIP-seq助力解决细胞分化,生物发育、疾病发生发展,热休克反应等生物学问题。

      表观生物最新开发微量meRIP-seq技术,通过技术优化,大幅降低meRIP的样本要求量,500ng-20ug 总RNA即可满足实验要求。利用最新的去rRNA技术,可以同时检测mRNA, lncRNA及环状RNA的甲基化修饰谱,帮助研究人员对RNA转录后甲基化修饰图谱进行全面研究,是表观转录组学研究的关键技术。


项目流程:

        甲基化RNA免疫共沉淀 (methylated RNA Immunoprecipitation,meRIP)基于抗体特异性结合甲基化修饰的碱基的原理,以RNA免疫共沉淀富集甲基化修饰片段为基础,然后通过高通量测序,在全转录组范围内研究发生甲基化的RNA区域,高效获得结果。

  

                                                 图1. 微量meRIP实验流程图

 

                                   图2. 实测数据显示meRIP数据在3’UTR有显著富集

 

                               图3. 实测数据显示m6A修饰位点富集于转录终止区域


                                图4. 实测数据显示某特定基因的m6A修饰区域

送样要求 

样本类型:

1. 总RNA,500ng--20ug 

2. 细胞,数量为5x106~107 

3. 组织,质量为10~20mg  

样本物种:
 仅限人、大小鼠物种,其他物种需评估 
 

基本分析内容
1、 原始数据过滤及质控
2、参考基因组比对
3、Reads在染色体上的分布
4、Peak Calling 分析
5、Peak 可视化
6、Peak 统计分析
7、m6A 的基本特征
    7.1 peak 在基因元件的分布
    7.2 reads 在基因元件的分布
    7.3 Peak 关联基因的特征
8、差异peak 分析

9、差异peak关联基因GO,KEGG分析 
10、 motif分析

高级分析内容
RNA-seq表达差异与m6A修饰差异关联分析

RNA可变剪切与m6A修饰差异关联分析

翻译组RIBO-seq翻译差异与m6A修饰差异关联分析



       推荐阅读:RNA甲基化修饰(m6A)研究技术及方案设计



参考文献:

1.Wang X, et al.N6-methyladenosine-dependent regulation of messenger RNA stability.Nature. 2014;505(7481):117-20.

2.Liu N, et al.N(6)-methyladenosine-dependent RNA structural switches regulate RNA-protein interactions.Nature. 2015;518(7540):560-4.

3.Yang Y, Fan X, Mao M, et al. Extensive translation of circular RNAs driven by N6-methyladenosine[J]. Cell Research, 2017.
 
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