RNA甲基化检测
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RNA甲基化(m6A)免疫共沉淀高通量测序(meRIP-seq)
发布时间:2019-01-07 15:18:29 | 浏览次数:

项目简介:

       RNA 甲基化指发生在RNA 分子上不同位置的甲基化修饰现象,常见的RNA转录后修饰方式有6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A) 和5-甲基胞嘧啶(C5-methylcytidine,m5C)等。     

       最新研究发现,m6A修饰在调控基因表达、剪接、RNA 编辑、RNA 稳定性、控制mRNA寿命和降解、介导环状RNA翻译等方面扮演重要角色。因此meRIP-seq助力解决细胞分化,生物发育、疾病发生发展,热休克反应等生物学问题。

      利用甲基化RNA免疫共沉淀结合高通量测序 (methylated RNA Immunoprecipitation sequening,meRIP-seq)技术,可以对RNA转录后甲基化修饰图谱进行全面研究,是表观转录组学研究的关键技术。


项目流程:

        甲基化RNA免疫共沉淀 (methylated RNA Immunoprecipitation,meRIP)基于抗体特异性结合甲基化修饰的碱基的原理,以RNA免疫共沉淀富集甲基化修饰片段为基础,然后通过高通量测序,在全转录组范围内研究发生甲基化的RNA区域,高效获得结果。




送样要求

样本类型:

1. 总RNA,不少于20ug

2. 细胞,数量为5x106~5x107

3. 组织,质量为10~20mg

样本物种:
 仅限人、大小鼠物种,其他物种需评估 
 

基本分析内容
1、 原始数据过滤及质控
2、参考基因组比对
3、Reads在染色体上的分布
4、Peak Calling 分析
5、Peak 可视化
6、Peak 统计分析
7、m6A 的基本特征
    7.1 peak 在基因元件的分布
    7.2 reads 在基因元件的分布
    7.3 Peak 关联基因的特征
8、差异peak 分析
9、 motif分析

高级分析内容
RNA-seq关联分析
环状RNA关联分析



       推荐阅读:RNA甲基化修饰(m6A)研究技术及方案设计



参考文献:

1.Wang X, et al.N6-methyladenosine-dependent regulation of messenger RNA stability.Nature. 2014;505(7481):117-20.

2.Liu N, et al.N(6)-methyladenosine-dependent RNA structural switches regulate RNA-protein interactions.Nature. 2015;518(7540):560-4.

3.Yang Y, Fan X, Mao M, et al. Extensive translation of circular RNAs driven by N6-methyladenosine[J]. Cell Research, 2017.
 
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