HEBER-seq—开启exRNA液体活检新时代
项目简介
HEBER-seq,开启exRNA液体活检新时代
近年,液体活检在肿瘤早筛、肿瘤用药、疗效评估和复发监测方面的取得了重要进展。在多种体液游离的胞外RNA(extracellular RNA)作为一种新型液体活检标志物,大部分源自胞外囊泡EVs,包括miRNA、lncRNA、mRNA等RNA类型,这些分子有望用于肿瘤、心脑血管疾病、感染性疾病的早期诊断和用药指导。
表观生物自主研发针对exRNA的测序技术——HEBER-seq(High Efficiency Barcoded Extracellular RNA sequencing,基于标签磁珠的exRNA测序),只需低至200 μL血浆样本,结合我司开发的深度学习算法构建诊断模型,可以深入挖掘测序所得的mRNA、longRNA中的的生物标志物,开启exRNA液体活检新篇章,促进精准医学发展。
技术优势
1. 样本要求量低,适用样本类型丰富
2. 无需富集胞外囊泡,减少过程损失,灵敏度高
3. 自动化高通量建库,缩短一半以上时间,快捷高效
4. 充分发挥随机森林网络分析算法的优势,多靶点提高诊断性能
送样要求
样本类型
1. 血浆 ≥200 μL/样本 2. 尿液 ≥5 mL/样本
3. 脑脊液 ≥500 μL/样本 4. 其他体液样本需评估
建议样本量
正常人100个VS 患者100个以上
技术应用
应用与方案
1. 去接头污染,去低质量reads 和测序质量评估
2. 参考基因组比对
3. 全基因组reads 分布图谱
4. mRNA表达差异分析
5. 差异基因KEGG、GO 分析
6. 差异lncRNA 分析
高级分析内容
1. 组织特异性分析
2. WGCNA分析/GSEA分析
3. 建立疾病诊断/预后评估模型
4. IPA通路分析
HEBER-seq与传统EVs longRNA-seq技术流程对比
技术流程图
分析内容示例 1
图1. 血浆样本exRNA 在gene body上的reads分布图
分析内容示例 2
图2. GSEA分析
分析内容示例 3
图3. 脑脊液样本exRNA的KEGG分析
分析内容示例 4
图4. Coeff模型分析
分析内容示例 5
图5. ROC分析 training数据集
分析内容示例 6
图6. GSEA分析