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外泌体small RNA测序服务
发布时间:2018-04-11 21:51:47 | 浏览次数:

项目简介


      miRNA是一类17 ~ 24 nt的非编码RNA,能介导基因的转录后沉默,与细胞增殖分化、迁移、疾病发生和疾病进展都有关系。2014年,Goldie等人发现miRNA外泌体中所占的比例高于外泌体来源细胞,表明miRNA特异地富集于外泌体中。自此,外泌体miRNA的作用受到越来越多的关注:循环的囊泡如外泌体被认为是与通过细胞接触或可溶分子转运的信号传导一样重要的第三种细胞间通讯途径。

 

      表观生物采用来源于美国Exosome Diagnostics, Inc.公司的独家技术——QIAGEN exoRNeasy Serum/Plasma Maxi Kit 提取外泌体RNA,能够在20分钟内快速纯化得到细胞外囊泡,并获得更为全面的RNA分子,广泛兼容来自细胞培养基上清、血清血浆及其他体液的外泌体样本,为后续RNA功能研究奠定基础。

 

      在建库技术方面,表观生物对外泌体small RNA测序服务也进行了革新,采用QIAseq NGS panels专有的数字NGS技术,基于QIAseq miRNA Library Kit的建库策略无需切胶分离小RNA(Gel-free),能够实现对外泌体miRNA等稀少样本的无偏向准确定量。结合最新的高通量测序技术和生物信息分析方案(样本≥10个,即送miRNA调控网络分析),将为您提供最为全面的外泌体miRNA测序服务!


技术优势:

1. 源于Exosome Diagonstics临床级外泌体提取技术,快速高效

2. 革新的QIAseq数字NGS建库技术,完美实现少量样本准确定量

3. 生物信息分析内容丰富,样本≥10个,即送miRNA调控网络分析





与竞争试剂盒生成的文库相比(之前必须进行繁琐的凝胶切除),表观生物Gel-free 外泌体small RNA建库技术产生的miRNA文库更加稳定,没有接头二聚体和污染RNA。 



外泌体miRNA有望作为生物标志物,因此表观生物外泌体small RNA测序对建库技术经过了精心优化,可增强体液(如血清)来源的外泌体样本等超低起始量的miRNA的丰度。


项目流程



测序方案


测序平台:Illumina 3000/4000  

测序数据:SE50 10M reads  

适用物种人、大小鼠

样本类型血清/血浆、培养基上清、尿液、唾液等

样本分组建议:10 VS 10


分析内容


分析项目

1

 原始数据过滤

2

 Clean reads 长度分布统计

3

 基因组比对

4

 已知 miRNA 注释

5

 已知 piRNA 注释

6

 重复序列比对

7

 新 miRNA 预测

8

 Small RNA 分类注释统计

9

 miRNA 丰度差异分析

10

 miRNA 家族分析

11

 miRNA 保守性分析

12

 差异表达 miRNA 聚类分析

13

 miRNA靶基因预测

14

 靶基因富集分析(GO

15

 靶基因富集分析(KEGG

16

 miRNAmRNA调控网络构建



参考案例脂肪组织巨噬细胞的外泌体能够调节胰岛素抵抗性


      肥胖引起的慢性组织炎症是胰岛素抵抗和2型糖尿病的根本原因。加州大学的研究者发现外泌体介导的细胞间通讯导致了糖尿病中的代谢紊乱,外泌体携带的miRNA参与了糖尿病产生的关键机制。

 

1. 含miRNA的外泌体对细胞和动物模型产生影响


从肥胖小鼠ATM中提取外泌体,静脉注射到正常小鼠中,2周后,肥胖动物组的外泌体在体内减弱胰岛素敏感性。


2.  外泌体miRNA测序

      通过外泌体small RNA测序,寻找其中发挥作用的miRNA。

测序样本:瘦的ATM-exo VS 肥胖ATM-exo测序获得的差异表达miRNA中,miR-155曾被报道通过抑制PPARγ,影响脂肪细胞分化,于是研究者选择了miR-155继续研究,后续miRNA功能实验证明其确实发挥了作用。


原文: Ying et al., Adipose Tissue Macrophage-Derived Exosomal miRNAs Can Modulate In Vivo and In Vitro In- sulin Sensitivity, Cell (2017), 


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