Exosomes检测
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外泌体longRNA测序服务
发布时间:2017-10-20 10:20:08 | 浏览次数:

项目简介

       外泌体为大小30 ~100 nm 的细胞外泌性囊泡,具有脂质双层膜结构。近年研究显示,外泌体是细胞与细胞间通讯的重要的分子,参与诸多生理与病理过程。外泌体不仅包含蛋白质成分,还包括一些RNA成分,如微小 RNA( microRNA,miRNA) 、长链非编码RNA和mRNA、环状RNA(circular RNA,circRNA)。外泌体所携带的这些 RNA统称为外泌体来源 RNA,有望作为液体活检分子标志物,在精准医学发展上有着光明的前景。

       表观生物采用Qiagen exoRNeasy Serum/Plasma Maxi Kit提取exosomal RNA,该试剂盒来源于美国Exosome Diagnostics, Inc.公司的技术,能够在20分钟内快速纯化得到细胞外囊泡,并获得更为全面的RNA分子,适合用于检测外泌体中的环状RNA及其他长片段的线性RNA。 我们结合最新的高通量测序技术和生物信息分析方案,将为您提供最为全面的外泌体longRNA测序服务!

项目流程

测序方案

1)    测序平台:Illumina HiSeq X10/Hiseq 4000

2)    测序模式:PE150

3)    测序数据量: 6-8G

4)    适用物种:人

5)    样本类型:仅限人血清或血浆(推荐使用),每个样本2ml-4ml体积

6)  样本数建议:10 VS 10 


分析内容

1. 去接头污染,去低质量reads和测序质量评估

2. 参考基因组比对

3. 全基因组reads分布图谱

4. 环状RNA预测

5. 环状RNA表达差异分析

6. mRNA表达差异分析

7. 差异基因KEGG、GO分析

8. 差异lncRNA分析


参考案例

  来自复旦大学的科研人员首次发现了exosomes内含有大量circRNA

        研究者从MHCC-LM3肝癌细胞以及此细胞来源的exosomes中分别提取总RNA(去除核糖体RNA),进行RNA-seq分析,发现exosomes中的circRNAexosomes来源细胞中的circRNA丰富得多。

通过exosomal RNA测序方法,研究者发现人血清exosomes也含有大量完整稳定的circRNA,并且结直肠癌病人血清exosomes中的circRNA与正常人差异明显,肿瘤来源的exo-circRNA有望成为癌症检测的潜在生物标志物。

               (G) 血液中外泌体环状RNA在全基因组的位置分布  

(H) 血清外泌体环状RNA的序列长度分布



                    (M) 正常人血清和直肠癌病人血清外泌体环状RNA的表达谱差异比较

                    (N) qRT-PCR 检测环状RNA分子circ-KLDHC10 的表达水平在正常血清和

                          直肠癌病人血清中有明显差异。

 

参考文献    

Li Y, et al,.Circular RNA is enriched and stable in exosomes: a promising biomarker for cancer diagnosis.Cell Res. 2015 Aug;25(8):981-4.



 
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